Trong hơn 20 năm đào tạo cao học, Ngành Quản trị kinh doanh – Khoa Vận tải Kinh tế - Trường Đại học Giao thông Vận tải đã đào tạo hàng nghìn thạc sỹ ngành Quản trị kinh doanh. Hàng năm Ngành Quản trị kinh doanh tiến hành đạo tạo thạc sỹ tại Trường Đại học Giao thông vận tải – Cầu Giấy Hà Nội, tại Phân Hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tải – Quận Thủ Đức, cũng như phối hợp với các cơ sở Đào tạo để tiến hành đào tạo.